Столкнулся с похожей проблемой. Звук при разрезании роликов глючит при работе с роликами, снятыми Canon PowerShot A800. Там вроде бы MotionJPEG, и какой-то хитрый звук (если интересно — гуглите характеристики этой камеры).
Решил проблему перекодировкой исходных роликов по профилю Lossless Matroska (Kdenlive -> Файл -> Перекодировать клипы). С получившимися роликами в контейнере mkv можно нормально работать.
Наверное когда-нибудь Kdenlive научится понимать такое кодирование…